Francesco Caputo del Empoli è sceso in campo nella maggior parte delle partite del club in Serie A nel 2023/2024, avendo collezionato 19 presenze, per un totale di 1251 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 15 presenze su 36 giornate ed è entrato 4 volte.
La sua ultima presenza in campionato è stata il 12 maggio, gara in cui ha giocato 67 minuti con la maglia del Empoli contro la Lazio, nella sconfitta per 2-0. In totale l'attaccante ha segnato 3 reti in questa stagione - terzo a pari merito tra i giocatori della sua squadra.
É stato contro il Sassuolo il 26 novembre che Caputo ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 4-3. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro la Fiorentina il 23 ottobre, avendo realizzato una rete nella vittoria per 2-0.
La prossima partita per l'Empoli - che occupa il 17° posto con 32 punti - sarà una trasferta contro l'Udinese, il 19 maggio.
Caputo ha giocato 21 partite di Serie A nell'ultima stagione con l'Empoli, realizzando 5 gol e fornendo 4 assist vincenti.
A gennaio 2023 l'Empoli ha acquisito in prestito Caputo, al tempo giocatore della Sampdoria, squadra per cui ha collezionato in totale 15 presenze in campionato, realizzando uno gol. Ha siglato il suo trasferimento definitivo come giocatore del Empoli a luglio 2023.
Il 3 ottobre 2010 Caputo ha debuttato in Serie A con Bari, all'età di 23 anni e 58 giorni, contro il Genoa. Ha avuto un impatto positivo al suo debutto in Serie A con il suo club attuale, l'Empoli, avendo realizzato un gol contro il Cagliari il 19 agosto 2018.
Finora in Serie A, ha giocato 204 partite con 69 reti realizzate e 24 assist per i compagni. Nonostante abbia giocato 204 partite in Serie A finora, Caputo non è ancora stato espulso nella competizione.